长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白的RNA。起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能。然而，近年来的研究表明，LncRNA参与了X染色体沉默（图A），基因组印记以及染色质修饰，转录激活（图B），转录干扰，核内运输等多种重要的调控过程，LncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。

图A：LncRNA参与X染色体的沉默；图B：LncRNA参与基因的转录激活。

哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生的转录本是LncRNA（相应的蛋白编码RNA的比例是1%），虽然近年来关于LncRNA的研究进展迅猛，但是绝大部分LncRNA的功能仍不清楚，随着研究的推进，各类 LncRNA 的大量发现，LncRNA 的研究将是 RNA 基因组研究非常吸引人的一个方向，使人们逐渐认识到基因组存在人类知之甚少的“暗物质”。

LncRNA作为RNA研究的热点，在表观遗传、转录以及转录后等多种水平上调控编码基因的表达，对物种的遗传改良、疾病的发生发展及诊断治疗有重要作用。相比传统的芯片检测，LncRNA测序结合高通量测序技术及生物信息学方法，能够在整体水平上、全面挖掘样品中LncRNA以及mRNA的信息。

利用新一代高通量测序技术进行lncRNA测序，并结合生物信息学的预测工具进行lncRNA分析，有助于科研工作者更快发现那些具有重要调控功能的lncRNA，分析其与特定生物学过程的关系。该方法可以更加高效地获取lncRNA序列以及位置信息，且突破了常规lncRNA芯片检测技术的使用范围限制，还可对新的lncRNA进行预测及功能分析，极大促进lncRNA的深入研究。