大肠杆菌是第一个用于重组蛋白生产的宿主菌，它不仅具有遗传背景清晰，培养操作简单，转化和转导效率高，生长繁殖快，成本低廉，可快速大规模生产目的蛋白的优点，而且其表达外源基因产物的水平远远高于其他基因表达系统，表达的目的蛋白量甚至能超过细菌中蛋白量的30%，因此大肠杆菌是目前应用最广泛的蛋白质表达系统。但是也存在一些不足，比如目的蛋白常以包涵体形式表达，产物纯化困难，且原核表达系统翻译后加工修饰体系不完善，表达产物的生物活性较低等，同时基因的表达过程是一个复杂的过程，涉及基因的转录，翻译，翻译后加工，细胞的代谢以及细胞内基因与蛋白，蛋白鱼蛋白之间的互作等。

一个完整的原核表达系统通常包括配套的表达载体和表达菌株。如果是特殊的诱导表达还包括诱导剂，如果是融合表达还包括纯化系统或者Tag检测等等。选择表达系统通常要根据实验目的来考虑，比如表达量高低，目标蛋白的活性，表达产物的纯化方法等等。