蛋白质是生命的物质基础，对蛋白的研究往往是在大规模水平上研究蛋白质的特征，从蛋白质的表达水平、翻译后修饰及蛋白间互做的方面进行分析，也称为蛋白组学分析。

 认识蛋白质要首先从了解蛋白质的性质入手，即蛋白组定性分析。除了利用蛋白质分析软件对其进行各类参数的预测外，通过仪器设备分析其等电点、分子量、一级结构、二级结构进行验证分析，对蛋白质进行全方位的解析之后，进一步推断蛋白质的功能和作用机理。

蛋白质定性分析通常是指利用质谱色谱等方法进行蛋白质鉴定和序列分析。

根据使用仪器可分为：MALDI-TOF/TOF、LC-ESI-MS/MS。

根据样本类型可分为：蛋白质全谱分析（即shotgun分析） 、蛋白质胶条/混合液分析、蛋白质胶点分析。

蛋白质全谱分析
定义：蛋白质全谱分析也可称为质谱shotgun分析，是指组分分析，能够鉴定出尽可能多的肽和蛋白质分子。
原理：将溶液内蛋白质分子或SDS-PAGE条带的复杂混合物酶解成肽段混合物，通过液相色谱分离。串联质谱测试，最后用相应的数据库进行检索匹配，可同时鉴定成百上千种蛋白质。主要应用于某一生理状态下组织、细胞或者细胞器中所有表达蛋白质的鉴定。

蛋白质胶条/混合液鉴定
定义：利用LC-ESI-MS/MS蛋白鉴定技术对胶条样本（即SDS-PAGE样本）、IP、Co-IP、Pull-down等纯化溶液等中等复杂样本进行蛋白鉴定。
原理：利用电喷雾（ESI）技术将样品以离子化的方式从液滴表面蒸发，进入质量分析器。主要应用于蛋白质或多肽鉴定。

蛋白质胶点鉴定
定义：利用MALDI-TOF/TOF蛋白鉴定技术对考/银染的2D或DIGE胶点样本或者较纯的蛋白样本进行蛋白鉴定。
原理： MALDI-TOF/TOF（Matrix – Assisted Laser Desorptiob/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry，基质辅助激光解析电离飞行时间质谱）MALDI的原理是将样品均匀包埋在基质中，基质吸收激光提供的能量而蒸发，携带部分样品分子进入气相，并将一部分能量传递给样品分子使其离子化。TOF的原理是离子在电场作用下加速飞过飞行管道，根据到达检测器的飞行时间不同而被检测，即测定离子的质荷比（M/Z）与离子的飞行时间成正比，从而检测离子。 也主要应用于蛋白质或多肽鉴定。

主要相关分析包括：