分子量是有机化合物基本的理化性质参数。分子量正确与否往往代表着所测定的有机化合物及生物大分子的结构正确与否。分子量也是多肽、蛋白质等鉴定中首要的参数，也是基因工程产品报批的重要数据之一。

蛋白质分子量的测定方法有多种,如渗透压法、光散射法、超速离心法、凝胶色谱法及聚丙烯酰胺凝胶电泳等。目前,在实验室中应用最多的是聚丙烯酰胺凝胶电泳。近年来质谱技术领域成绩斐然,电喷雾离子化技术日益成熟,使得质谱不仅可以测定小分子物质的分子量,而且也可以测定生物大分子物质的分子量,灵敏度、准确度为各种方法之首。

基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)是近年来发展起来的一种新型的软电离生物质谱，具有样品消耗量少、灵敏度高、测定速度快、易于实现高通量、可对蛋白进行大规模的鉴定及生物大分子的分子量测定等特点，为蛋白质研究提供了一种强有力的分析测试手段。简便，直观，可直接对大分子混合物进行测定，并且基本不产生碎片峰是MALDI-TOF-MS的优势，因此这项技术在生物大分子分子量测定中得到广泛应用。MALDI-TOF-MS仪器主要由两部分组成：基质附助激光解吸电离离子源（MALDI）和飞行时间质量分析器（TOF）。MALDI的原理是用激光照射样品与基质形成的共结晶薄膜，基质从激光中吸收能量传递给生物分子，而使生物分子电离的过程。它是一种软电离技术，适用于混合物及生物大分子的测定。TOF的原理是离子在电场作用下加速飞过飞行管道，根据到达检测器的飞行时间不同而被检测即测定离子的质荷比（M/Z）与离子的飞行时间成正比，从而实现对离子的检测。MALDI-TOF的准确度高达0.1%-0.01%，远远高于目前常规应用的SDS电泳与高效凝胶色谱技术，目前可测定生物大分子的分子量范围为700-600000Da。

注意：胶粒样品或者转移到PVDF膜上的样品不适合于分子量测定实验。