发酵（fermentation）指人们借助微生物在有氧或无氧条件下的生命活动来制备微生物菌体本身、或者直接代谢产物或次级代谢产物的过程。

现代发酵的定义是：通过对微生物（或动植物细胞）进行大规模的生长培养，使之发生化学变化和生理变化，从而产生和积累大量人们发酵所需要的代谢产物的过程。

发酵服务的常用目的之一即规模化蛋白生产，细菌发酵服务根据客户的需求量身打造，从蛋白表达和细菌培养条件的优化、扩大化表达，到大规模生产、蛋白纯化和鉴定提供全程服务。

基本流程
一个确定的发酵过程由6个部分组成：
①菌种以及确定的种子培养基和发酵培养基的组成；
②培养基、发酵罐和辅助设备的火菌；
③大规模的有活性、纯种的种子培养物的生产；
④发酵罐中微生物最优的生长条件下产物的大规模生产；
⑤产物的提取、纯化；
⑥发酵废液的处理。