细胞转录组测序（Single cell RNA sequencing），是在单个细胞水平对mRNA进行高通量测序的一项新技术，针对单个细胞研究其整体水平的基因表达情况，成功解决细胞分子机制研究中常见的细胞异质性、细胞量少而无法进行常规高通量测序等难题。

单细胞转录组测序技术主要用于在全基因组范围内挖掘基因调控网络，尤其适用于存在高度异质性的干细胞、肿瘤细胞及胚胎发育早期的细胞群体。单细胞转录组分析有助于深入理解细胞分化、细胞重编程及转分化等过程及相关的基因调控网络。