技术概述
RNA纯化的染色质分离技术(Chromatin Isolation by RNA Purification,ChIRP)是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白的高通量检测方法。
其方法是通过设计生物素标记RNA互补探针,其与链霉亲和素结合,将目标RNA特异性结合的同时,特异性捕获RNA结合调控的DNA染色体片段及参与转录调控的RNA结合蛋白质(RBPs)。
①DNA染色体片段经过构建文库及高通量测序,可以基因组水平获得转录调控RNA(增强子RNA,eRNA)转录调控的下游靶基因,结合qPCR可以研究结合调控强度;
②RNA结合蛋白经过酶消化及高效液相-质谱分析,可以鉴定参与转录调控的蛋白质,结合western blot可以进一步研究结合作用强度。
技术详情
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