泛基因组包括核心基因组（Core genome）和非必须基因组（Dispensable genome）。其中，核心基因组由所有样本中都存在的序列组成，一般与物种生物学功能和主要表型特征相关，反映了物种的稳定性；非必须基因组由仅在单个样本或部分样本中存在的序列组成，一般与物种对特定环境的适应性或特有的生物学特征相关，反映了物种的特性。针对不同但又相互关联的个体材料进行较高深度测序，单独进行组装，构建泛基因组图谱，以期获得该物种完整的遗传信息。

泛基因组测序是运用高通量测序及生物信息分析手段，针对不同亚种/个体材料进行测序及泛组装，构建泛基因组图谱，丰富该物种的遗传信息。泛基因组测序不仅可以获得多个基因组，完善该物种的基因集，还可以获得种群甚至个体特有的DNA 序列和功能基因信息，为系统进化分析及功能生物学研究奠定基础。