About company
三摩尔工作室
三摩尔工作室，主要从事生物进化与分子系统发育相关工作。工作室创始人张东，来自中国科学院水生生物研究所，长期从事基于线粒体基因组的分子系统发育研究。
线粒体是真核生物细胞中能执行呼吸机能的一个相对独立的细胞器，线粒体DNA(mtDNA)基因组从它的形成开始，就伴随核基因组DNA共同进化，在线粒体基因组中记载着生物从单细胞到多细胞、从低等到高等进化过程中丰富的历史信息，通过对线粒体基因组DNA的分析比较，亦可了解到生物为适应环境其线粒体基因组在进化过程中受到的选择压力情况。
动物线粒体基因组因其母系遗传、无重组、无内含子、严格的直系同源基因以及信息丰富等特点被广泛应用于系统分类（systematic classification）、生物地理学（biogeography）、动物条形码（animal barcoding）、比较基因组学（comparative genomics）等研究中。
工作室负责人简介：张东，2015.9-至今，在中科院水生所攻读硕博连读，专业为水生生物学，研究对象为鱼类寄生虫，所开展的研究为基于线粒体基因组的鱼类寄生虫系统发育研究。期间以第一作者身份发表SCI论文12篇（累计影响因子43）。
聚生物推荐技术
系统发育分析
基于分子序列（核苷酸、氨基酸等），采用最先进的建树方法，推断生物实体（基因、个体、种群、物种和种上阶元）的起源和演化关系。
本团队还开发了一款适用于生物数据管理以及系统发育分析流程化的分析系统（PhyloSuite），该软件承包了从分子序列获得到系统发育树美化的所有工作，极大地提高了工作效率。
选择压力分析
利用PAML以及HYPHY（或datamonkey）等软件进行选择压力分析，包括计算正选择位点和枝位点，以及比较不同类群、基因受到的选择压力情况。
利用I-TASSER等软件预测蛋白基因的3D结构，并用PYMOL软件可视化蛋白质结构和正选择位点。利用PredictProtein网站预测蛋白基因各个位点的结构和功能。
线粒体基因组全套分析
线粒体基因组文章中的所有常规分析：基因组常规统计、tRNA二级结构图、线粒体基因组圈图、密码子偏倚分析（RSCU、ENC和CAI等）、非编码区重复序列分析、滑窗分析、蛋白编码基因进化速率分析、基因顺序可视化及祖先状态重建。
线粒体系统基因组学及相关统计作图（点图、线形图和热图等）。
内参稳定性分析
实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR)/QRT-PCR，分为绝对定量和相对定量，在进行相对定量分析时需要用内参基因对目的基因进行数据校正，才能获得精确的结果，所以我们首先必须从众多的内参基因中筛选出稳定的内参基因，利用geNorm、NormFinder和BestKeeper通过程序分析，可最终获得较为稳定的内参基因。
论文文章撰写以及润色
可提供对转录组、蛋白组、代谢组数据的解读筛选，帮助客户更快聚焦目的基因，探索生物学奥秘。
编辑为海外外籍专家，语言能力：英语 （精通）， 汉语 （中级）， 德语 （基层）等。
软件资源
本工作室开发了一款适用于生物数据管理以及系统发育分析流程化的分析系统——PhyloSuite，已应用于多篇SCI科学论文。
PhyloSuite详情，可点此链接了解：PhyloSuite
扫描右侧二维码，了解软件使用案例并可获得下载地址，免费使用。
PhyloSuite，请关注可下载
案例展示
1. ciccular
Zhang D, Li WX, Zou H, Wu SG, Li M, Jakovlic I, Zhang J, Chen R, Wang GT. 2018. Mitochondrial genomes of two diplectanids (Platyhelminthes: Monogenea) expose paraphyly of the order Dactylogyridea and extensive tRNA gene rearrangements. Parasit Vectors. 11: 601. doi: 10.1186/s13071-018-3144-6. – Fig. 1
https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-018-3144-6
2. line_point
Zhang D, Zou H, Wu SG, Li M, Jakovlic I, Zhang J, Chen R, Li WX, Wang GT. 2018. Three new Diplozoidae mitogenomes expose unusual compositional biases within the Monogenea class: implications for phylogenetic studies. BMC Evol Biol. 18: 133. doi: 10.1186/s12862-018-1249-3. –Fig. 1
https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-018-1249-3
3. phylogeny
Zhang D, Zou H, Wu SG, Li M, Jakovlic I, Zhang J, Chen R, Li WX, Wang GT. 2018. Three new Diplozoidae mitogenomes expose unusual compositional biases within the Monogenea class: implications for phylogenetic studies. BMC Evol Biol. 18: 133. doi: 10.1186/s12862-018-1249-3. – Fig. 6
https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-018-1249-3
4. tRNAs
Zhang D, Zou H, Wu SG, Li M, Jakovlic I, Zhang J, Chen R, Li WX, Wang GT. 2018. Three new Diplozoidae mitogenomes expose unusual compositional biases within the Monogenea class: implications for phylogenetic studies. BMC Evol Biol. 18: 133. doi: 10.1186/s12862-018-1249-3. – Fig. 3
https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-018-1249-3
5. AA_usage
Zhang D, Zou H, Wu SG, Li M, Jakovlic I, Zhang J, Chen R, Li WX, Wang GT. 2018. Three new Diplozoidae mitogenomes expose unusual compositional biases within the Monogenea class: implications for phylogenetic studies. BMC Evol Biol. 18: 133. doi: 10.1186/s12862-018-1249-3. – Fig. 2
https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-018-1249-3
6. sliding_window_dnds
Zhang D, Zou H, Wu SG, Li M, Jakovlic I, Zhang J, Chen R, Li WX, Wang GT. 2018. Three new Diplozoidae mitogenomes expose unusual compositional biases within the Monogenea class: implications for phylogenetic studies. BMC Evol Biol. 18: 133. doi: 10.1186/s12862-018-1249-3. – Fig. 5
https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-018-1249-3
7. Stacking bar 堆积条形图
Zhang D, Zou H, Wu SG, Li M, Jakovlic I, Zhang J, Chen R, Li WX, Wang GT. 2018. Three new Diplozoidae mitogenomes expose unusual compositional biases within the Monogenea class: implications for phylogenetic studies. BMC Evol Biol. 18: 133. doi: 10.1186/s12862-018-1249-3. – Fig. 5
https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-018-1249-3
8. GO_tree
基因顺序构建系统发育树
Zhang D, Li WX, Zou H, Wu SG, Li M, Jakovlić I, Zhang J, Chen R, Wang GT. 2019. Homoplasy or plesiomorphy? Reconstruction of the evolutionary history of mitochondrial gene order rearrangements in the subphylum Neodermata. Int J Parasitol. 49: 819-829. doi: 10.1016/j.ijpara.2019.05.010. – Fig. 2
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0020751919301900
9. gene order
Zhang D, Li WX, Zou H, Wu SG, Li M, Jakovlić I, Zhang J, Chen R, Wang GT. 2019. Homoplasy or plesiomorphy? Reconstruction of the evolutionary history of mitochondrial gene order rearrangements in the subphylum Neodermata. Int J Parasitol. 49: 819-829. doi: 10.1016/j.ijpara.2019.05.010. – Fig. 4
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0020751919301900
10. NCR
Zhang D, Zou H, Jakovlić I, Wu SG, Li M, Zhang J, Chen R, Li WX, Wang GT. 2019. Mitochondrial Genomes of Two Thaparocleidus Species (Platyhelminthes: Monogenea) Reveal the First rRNA Gene Rearrangement among the Neodermata. International Journal of Molecular Sciences. 20: 4214. doi: 10.3390/ijms20174214. – Figure 2
11. heatmap
Zhang D, Zou H, Jakovlić I, Wu SG, Li M, Zhang J, Chen R, Li WX, Wang GT. 2019. Mitochondrial Genomes of Two Thaparocleidus Species (Platyhelminthes: Monogenea) Reveal the First rRNA Gene Rearrangement among the Neodermata. International Journal of Molecular Sciences. 20: 4214. doi: 10.3390/ijms20174214. – Figure 4
12. compare_table
表格比较
Zhang D, Zou H, Jakovlić I, Wu SG, Li M, Zhang J, Chen R, Li WX, Wang GT. 2019. Mitochondrial Genomes of Two Thaparocleidus Species (Platyhelminthes: Monogenea) Reveal the First rRNA Gene Rearrangement among the Neodermata. International Journal of Molecular Sciences. 20: 4214. doi: 10.3390/ijms20174214. – Table 1
