张东，中科院水生所博士，硕博连读期间专业为水生生物学，研究对象为鱼类寄生虫，所开展的研究为基于线粒体基因组的鱼类寄生虫系统发育研究。

在校期间获得如下奖励，2016年5月获中科院研究生奖学金一等奖；2017年5月获中国科学院大学三好学生荣誉称号；2017年10月获博士研究生国家奖学金；2018年5月获中国科学院大学三好学生荣誉称号；2019年5月获中国科学院大学三好学生标兵荣誉称号；2019年5月获中科院研究生奖学金二等奖；2019年6月中国科学院院长奖学金；2019年11月获博士研究生国家奖学金。

期间以第一作者身份发表SCI论文12篇（累计影响因子43），并开发了一款适用于生物数据管理以及系统发育分析流程化的界面软件PhyloSuite。

专业技能

专业相关：系统发育分析，选择压力分析，线粒体基因组分析，Python编程，生物信息学分析等。

分析软件：熟悉Linux、Mac OS X和Windows三大操作系统以及Python (熟练)、Qt、R、HTML5和CSS等编程语言，并开发了一个高效的比较细胞器基因组及系统发育分析平台（PhyloSuite，https://dongzhang0725.github.io/），还搭建了农业部淡水养殖病害防治重点实验室网站（http://fdlab.ihb.ac.cn/）；熟练掌握分子生物学和系统进化分析软件（Geneious、MrBayes和IQ-TREE等）、Office全套软件、图形处理软件（PS，AI，CorelDRAW等）、统计软件（SPSS、R）、文献管理软件（EndNote）等。

语言文字：能够熟练查阅中英文文献资料，通过近十篇论文的写作和发表，大幅度提高了自己科技英语运用水平；同时也具有较强的项目申请和各种考核或结题报告撰写的能力。

主要工作内容

（1）工欲善其事必先利其器，针对现有的比较细胞器基因组以及系统发育分析工作操作复杂、效率低等问题，开发了一个可以极大提高效率的分析平台——PhyloSuite。该平台最大的亮点在于①批量、多核以及流程化操作让（细胞器）基因组、转录组等大数据的分析变得简单高效；②支持大尺度范围内细胞器基因组的荟萃分析（Meta-analysis）。

（2）针对单殖吸虫的分类争议问题，运用多种手段获取了15种单殖吸虫的线粒体基因组全序列，然后通过比较线粒体基因组学方法挖掘了单殖吸虫线粒体基因组的特殊进化特征；还利用线粒体系统基因组学方法探讨了一些具有争议的单殖吸虫目、科、亚科之间的关系；同时利用选择压力分析找到了锚首虫由体外转为体内寄生可能发生的线粒体基因组适应性改变。

（3）其他工作：利用荟萃分析方法推导出新皮动物亚门的祖先基因顺序，并报道了等足目核苷酸偏倚的趋同进化现象及其引起的长枝吸引问题；还参与过涡虫、复殖吸虫、绦虫、线虫、棘头虫、软体动物、原生动物（纤毛虫）、甲壳类动物等的线粒体基因组的解析及系统发育分析。

主要参与项目

专业学习方面

参与编写科普图书《淡水鱼类重要寄生虫病诊断手册》。

参加中国国际寄生虫学学术研讨会、中国水产学会鱼病学学术研讨会等并报告了研究成果。

曾2次担任JCR一区期刊Parasites & Vectors的审稿人。

科研论文：

自本科毕业后6年期间，总共发表28篇SCI论文。一作文章（包括一篇共同一作和一篇导师一作）共有12篇，累计IF5y达到43，其中6篇属于JCR一区。最突出的一项工作是开发了一个简单高效的比较细胞器基因组及系统发育分析平台，该平台得到了国内外同行的认可，目前已被引用25次。利用该平台，我们的其他工作也发表在《Genome Biology and Evolution》、《BMC Genomics》、《BMC Evolutionary Biology》、《International Journal for Parasitology》、《International Journal of Biological Macromolecules》、《Parasites & Vectors》、《International Journal of Molecular Sciences》和《Genes》等主流专业杂志上。

1. 1. Zhang, D., F. Gao, I. Jakovlić, H. Zou, J. Zhang, W.X. Li, and G.T. Wang, PhyloSuite: an integrated and scalable desktop platform for streamlined molecular sequence data management and evolutionary phylogenetics studies. Molecular Ecology Resources, 2019: p. Doi: 10.1111/1755‐0998.13096. DOI: 10.1101/489088. (IF5Y=7.208)
2. 2. Zhang, D., H. Zou, C.-J. Hua, W.-X. Li, S. Mahboob, K.A. Al-Ghanim, F. Al-Misned, I. Jakovlić, and G.-T. Wang, Mitochondrial architecture rearrangements produce asymmetrical nonadaptive mutational pressures that subvert the phylogenetic reconstruction in Isopoda. Genome Biology and Evolution, 2019. 11(7): p. 1797-1812. DOI: 10.1093/gbe/evz121. (IF5Y=4.019)
3. 3. Zhang, D., W.X. Li, H. Zou, S.G. Wu, M. Li, I. Jakovlić, J. Zhang, R. Chen, and G.T. Wang, Homoplasy or plesiomorphy? Reconstruction of the evolutionary history of mitochondrial gene order rearrangements in the subphylum Neodermata. International Journal for Parasitology, 2019. 49(10): p. 819-829. DOI: 10.1016/j.ijpara.2019.05.010. (IF5Y=3.864)
4. 4. Zhang, D., W.X. Li, H. Zou, S.G. Wu, M. Li, I. Jakovlic, J. Zhang, R. Chen, and G.T. Wang, Mitochondrial genomes and 28S rDNA contradict the proposed obsoletion of the order Tetraonchidea (Platyhelminthes: Monogenea). International Journal of Biological Macromolecules, 2019: p. In press. DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2019.09.150. (IF5Y=4.731)
5. 5. Zhang, D., H. Zou, S.G. Wu, M. Li, I. Jakovlic, J. Zhang, R. Chen, W.X. Li, and G.T. Wang, Three new Diplozoidae mitogenomes expose unusual compositional biases within the Monogenea class: implications for phylogenetic studies. BMC Evolutionary Biology, 2018. 18(1): p. 133. DOI: 10.1186/s12862-018-1249-3. (IF5Y=3.559)
6. 6. Zhang, D., H. Zou, I. Jakovlić, S.G. Wu, M. Li, J. Zhang, R. Chen, W.X. Li, and G.T. Wang, Mitochondrial Genomes of Two Thaparocleidus Species (Platyhelminthes: Monogenea) Reveal the First rRNA Gene Rearrangement among the Neodermata. International Journal of Molecular Sciences, 2019. 20(17): p. 4214. DOI: 10.3390/ijms20174214. (IF5Y=4.331)
7. 7. Zhang, D., W.X. Li, H. Zou, S.G. Wu, M. Li, I. Jakovlic, J. Zhang, R. Chen, and G.T. Wang, Mitochondrial genomes of two diplectanids (Platyhelminthes: Monogenea) expose paraphyly of the order Dactylogyridea and extensive tRNA gene rearrangements. Parasites & Vectors, 2018. 11(1): p. 601. DOI: 10.1186/s13071-018-3144-6. (IF5Y=3.342)
8. 8. Zhang, D., H. Zou, S.G. Wu, M. Li, I. Jakovlić, J. Zhang, R. Chen, W.X. Li, and G.T. Wang, Evidence for Adaptive Selection in the Mitogenome of a Mesoparasitic Monogenean Flatworm Enterogyrus malmbergi. Genes, 2019. 10(11): p. 863. DOI: 10.3390/genes10110863. (IF5Y=3.484)
9. 9. Zhang, D., H. Zou, S.G. Wu, M. Li, I. Jakovlić, J. Zhang, R. Chen, G.T. Wang, and W.X. Li, Sequencing of the complete mitochondrial genome of a fish-parasitic flatworm Paratetraonchoides inermis (Platyhelminthes: Monogenea): tRNA gene arrangement reshuffling and implications for phylogeny. Parasites & Vectors, 2017. 10(1): p. 462. DOI: 10.1186/s13071-017-2404-1. (IF5Y=3.342)
10. 10. Li, W.X., D. Zhang, K. Boyce, B.W. Xi, H. Zou, S.G. Wu, M. Li, and G.T. Wang, The complete mitochondrial DNA of three monozoic tapeworms in the Caryophyllidea: a mitogenomic perspective on the phylogeny of eucestodes. Parasites & Vectors, 2017. 10(1): p. 314. DOI: 10.1186/s13071-017-2245-y. (IF5Y=3.342)
11. 11. Zhang, D., H. Zou, S.G. Wu, M. Li, I. Jakovlic, J. Zhang, R. Chen, G.T. Wang, and W.X. Li, Sequencing, characterization and phylogenomics of the complete mitochondrial genome of Dactylogyrus lamellatus (Monogenea: Dactylogyridae). Journal of Helminthology, 2017. 92: p. 455-466. DOI: 10.1017/S0022149X17000578. (IF5Y=1.408)
12. 12. Zhang, D., H. Zou, S. Zhou, S.G. Wu, W.X. Li, and G.T. Wang, The complete mitochondrial genome of Gyrodactylus kobayashii (Platyhelminthes: Monogenea). Mitochondrial DNA Part B-Resources, 2016. 1(1): p. 146-147. DOI: 10.1080/23802359.2016.1144102. (IF5Y=0.561)
13. 13. Li, W.X., D. Zhang, P.P. Fu, R. Song, H. Zou, M. Li, S.G. Wu, and G.T. Wang, Characterization and phylogenomics of the complete mitochondrial genome of the polyzoic cestode Gangesia oligonchis (Platyhelminthes: Onchoproteocephalidea). Journal of Helminthology, 2019: p. 1-10. DOI: 10.1017/S0022149X19000452. (IF5Y=1.408)
14. 14. Song, R., D. Zhang, S. Deng, D. Ding, F. Liao, and L. Liu, The complete mitochondrial genome of Acanthosentis cheni (Acanthocephala: Quadrigyridae). Mitochondrial DNA Part B-Resources, 2016. 1(1): p. 797-798. DOI: 10.1080/23802359.2016.1197076. (IF5Y=0.561)
15. 15. Song, R., D. Zhang, J.-W. Gao, X.-F. Cheng, M. Xie, H. Li, and Y.-A. Wu, Characterization of the complete mitochondrial genome of Brentisentis yangtzensis Yu & Wu, 1989 (Acanthocephala, Illiosentidae). ZooKeys, 2019. 861: p. 1-14. DOI: 10.3897/zookeys.861.34809. (IF5Y=1.1)
16. 16. Wang, J.G., D. Zhang, I. Jakovlic, and W.M. Wang, Sequencing of the complete mitochondrial genomes of eight freshwater snail species exposes pervasive paraphyly within the Viviparidae family (Caenogastropoda). PLoS One, 2017. 12(7): p. e0181699. DOI: 10.1371/journal.pone.0181699. (IF5Y=3.337)
17. 17. Xi, B.W., D. Zhang, W.X. Li, B.J. Yang, and J. Xie, Characterization of the complete mitochondrial genome of Parabreviscolex niepini Xi et al., 2018 (Cestoda, Caryophyllidea). Zookeys, 2018(783): p. 97-112. DOI: 10.3897/zookeys.783.24674. (IF5Y=1.1)
18. 18. Zou, H., D. Zhang, W. Li, S. Zhou, S. Wu, and G. Wang, The complete mitochondrial genome of Gyrodactylus gurleyi (Platyhelminthes: Monogenea). Mitochondrial DNA Part B-Resources, 2016. 1(1): p. 383-385. DOI: 10.1080/23802359.2016.1172042. (IF5Y=0.561)
19. 19. Hua, C.J., W.X. Li, D. Zhang, H. Zou, M. Li, I. Jakovlić, S.G. Wu, and G.T. Wang, Basal position of two new complete mitochondrial genomes of parasitic Cymothoida (Crustacea: Isopoda) challenges the monophyly of the suborder and phylogeny of the entire order. Parasites & Vectors, 2018. 11(1): p. 628. DOI: 10.1186/s13071-018-3162-4. (IF5Y=3.342)
20. 20. Li, W.X., P.P. Fu, D. Zhang, K. Boyce, B.W. Xi, H. Zou, M. Li, S.G. Wu, and G.T. Wang, Comparative mitogenomics supports synonymy of the genera Ligula and Digramma (Cestoda: Diphyllobothriidae). Parasites & Vectors, 2018. 11(1): p. 324. DOI: 10.1186/s13071-018-2910-9. (IF5Y=3.342)
21. 21. Zou, H., I. Jakovlic, D. Zhang, R. Chen, S. Mahboob, K.A. Al-Ghanim, F. Al-Misned, W.X. Li, and G.T. Wang, The complete mitochondrial genome of Cymothoa indica has a highly rearranged gene order and clusters at the very base of the Isopoda clade. PLoS One, 2018. 13(9): p. e0203089. DOI: 10.1371/journal.pone.0203089. (IF5Y=3.337)
22. 22. Suleman, J. Ma, M.S. Khan, V.V. Tkach, N. Muhammad, D. Zhang, and X.-Q. Zhu, Characterization of the complete mitochondrial genome of Plagiorchis maculosus (Digenea, Plagiorchiidae), Representative of a taxonomically complex digenean family. Parasitology International, 2019. 71: p. 99-105. DOI: https://doi.org/10.1016/j.parint.2019.04.001. (IF5Y=1.873)
23. 23. Zou, H., I. Jakovlic, R. Chen, D. Zhang, J. Zhang, W.X. Li, and G.T. Wang, The complete mitochondrial genome of parasitic nematode Camallanus cotti: extreme discontinuity in the rate of mitogenomic architecture evolution within the Chromadorea class. BMC Genomics, 2017. 18(1): p. 840. DOI: 10.1186/s12864-017-4237-x. (IF5Y=4.142)