ALL SEQ-DNA Protein Interactions(二)

1.CATCH-IT

CATCH-IT是一种测量全基因组核小体转换动力学的直接方法 （Deal et al。，2010）。在该方法中，用甲硫氨酸替代物叠氮高丙氨酸（Aha）简单处理细胞，其将生物素与含有新掺入的组蛋白的核小体偶联。标记的染色质用链霉抗生物素蛋白进行亲和纯化，严格洗涤以除去非组蛋白，并使用平铺微阵列进行分析。

好处：

可以确定整个基因组中核小体转换的差异

缺点：

潜在的人工制品

2.ChIP-Seq/HT-ChIP/ChIP-exo/Mint-ChIP

染色质免疫沉淀测序/高通量ChIP /核酸外切酶修剪ChIP /多重ChIP

ChIP-Seq是一种成熟的方法来绘制特定的蛋白质结合位点 （Solomon等，1988）。它产生了大量的衍生物，如AHT-ChIP-Seq （Aldridge等，2013），BisChIP-Seq （Statham等，2012），CAST-ChIP（Schauer等，2013）。，芯片BMS （Li等人。，2011），芯片BS-SEQ （Brinkman等人，2012），ChIPmentation （的Schmidl等人，2015） ，删除片 （Rotem公司等人，2015） ，薄荷-ChIP （van Galen等，2016），PAT_ChIP （Fanelli等，2011），reChIP-seq （Truax等，2012），scChIP-seq（Rotem等，2015）和X-ChIP （Skene等，2014）。顺序ChIP-seq（reChIP）也可以显示染色质上不同蛋白质的关联 （Elsasser等，2015）。在该方法中，DNA-蛋白质复合物在体内交联。接下来，将样品片段化并用外切核酸酶处理以修剪未结合的寡核苷酸。蛋白质特异性抗体用于免疫沉淀DNA-蛋白质复合物。提取，纯化和测序DNA，得到蛋白质结合位点的高分辨率序列。

好处：

蛋白质结合位点的碱基对分辨率

可以绘制特定的调节因子或蛋白质

外切核酸酶的使用消除了未结合DNA的污染 （Zentner等，2012）

缺点：

非特异性抗体可稀释感兴趣的DNA-蛋白质复合物库

目标蛋白必须是已知的并且能够产生抗体

3.HITS-FLIP

采用荧光配体相互作用分析的高通量测序

HiTS-FLIP是一种在前所未有的深度测量定量蛋白质-DNA结合亲和力的技术。在该方法中，内置于高通量测序仪中的光学器件用于可视化蛋白质与流动细胞中测序的DNA的体外结合 （Nutiu等人，2011）。

通过合成对具有锚定的单链DNA的微流体流动细胞进行测序。剥离第二链DNA并使用Klenow聚合酶和未修饰的dNTP重建以形成双链DNA簇。以不同浓度引入荧光标记的结合蛋白，并对结合进行成像。

好处：

量化和全面

缺点：

需要专门的硬件

尚未被科学界广泛采用

4.Chem-seq

识别被小化学分子束缚的位点

Chem-seq可用于检测小分子配体（如治疗药物）与基因组相关蛋白的结合。该信息可以提供关于小分子药物对细胞功能的扰动的重要见解 （Anders等，2014）。

Chem-seq方法使用2种方法。在活细胞中，添加生物素化的药物以允许药物 - 靶标结合。将复合物与甲醛交联，将细胞裂解并超声处理，并将复合物捕获在链霉抗生物素蛋白珠上。将富集的DNA片段纯化并测序。对于体外分析，将生物素化的药物加入细胞提取物中，并按照体内方法进行剩余的步骤。

好处：

可应用于生命，人体细胞

缺点：

创建生物素衍生物可能会改变药物活性

5.FAIRE-seq/Sono-Seq

甲醛辅助分离调节元件/交联染色质的超声处理

FAIRE-seq （Giresi等，2009） （Hogan等，2006） 和Sono-Seq （Auerbach等，2009） 基于DNA和核小体或序列特异性DNA结合蛋白之间交联效率的差异。 。在该方法中，使用甲醛在体内简单地交联DNA-蛋白质复合物。然后将样品裂解并超声处理。苯酚提取后，纯化水相中的DNA并测序。测序提供了未被组蛋白占据的DNA区域的信息。

好处：

简单且高度可重复的协议

不需要抗体

不需要酶，如DNase或MNase，避免酶处理所需的优化和额外步骤

不需要单细胞悬液或核分离，因此很容易适用于组织样本 （Simon et al。，2012）

缺点：

无法识别与DNA结合的调节蛋白

DNase-Seq可能更好地鉴定高表达基因的核小体缺失启动子 （Song et al。，2011）