RNA甲基化免疫共沉淀技术（MeRIP）
2019年6月28日
一条评论
甲基化RNA免疫共沉淀 (methylated RNA Immunoprecipitation，meRIP)基于特异性抗体特异性结合甲基化修饰的碱基的原理，以RNA免疫共沉淀富集甲基化修饰片段为基础，然后通过高通量测序，在全转录组范围内研究发生甲基化的RNA区域，获得结果。
甲基化RNA免疫共沉淀 (methylated RNA Immunoprecipitation，meRIP)基于特异性抗体特异性结合甲基化修饰的碱基的原理，以RNA免疫共沉淀富集甲基化修饰片段为基础，然后通过高通量测序，在全转录组范围内研究发生甲基化的RNA区域，获得结果。
ShRNA, 为short hairpin RNA的缩写，翻译为“短发夹RNA”。shRNA包括两个短反向重复序列。克隆到shRNA表达载体中的shRNA包括两个短反向重复序列，中间由一茎环（loop）序列分隔的，组成发夹结构，
蛋白-蛋白相互作用是蛋白质结构与功能研究中最重要的方面之一。GST pulldown实验是一个有效验证酵母双杂交系统的体外试验技术。将靶蛋白与GST（谷胱甘肽S-转移酶）融合表达，并将靶蛋白固化在谷胱甘肽(GSH)亲和树脂上，作为与目的蛋白亲和的支撑物，
CLIP，交联-免疫沉淀法，是一种主要用于分离和鉴定细胞中核糖核蛋白复合体中的RNA、microRNA以及蛋白复合物的方法。这个方法可以确定某些RBP是否能与特定的RNA结合并将RBPs与其结合的RNA免疫沉淀下来。
RNA纯化的染色质分离技术（Chromatin Isolation by RNA Purification，ChIRP）是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白的高通量检测方法。
标记RNA亲和纯化，TRAP(tagged RNA affinity purification)是一种检测与RNA结合的蛋白质(RBPs)的检测方法。
RNA反义纯化(RNA antisense Purification，RAP)是一种检测转录后水平与RNA结合RNA或蛋白质的检测方法。
反向染色质免疫共沉淀技术（reverse-Chromatin immunoprecipitation assay，reverse-ChIP）相对于染色质免疫共沉淀技术（ChIP），是一种在体内状态下分析DNA-蛋白质相互作用的新方法。
亚细胞定位是指某种蛋白或表达产物在细胞内的具体存在部位。例如在核内、胞质内或者细胞膜上存在。GFP是绿色荧光蛋白，在扫描共聚焦显微镜的激光照射下会发出绿色荧光，从而可以精确地定位蛋白质的位置。
基因分型（Genotyping）是利用生物学检测方法测定个体基因型（Genotype）的技术。 基因组中的遗传变异以许多不同形式存在，既有大规模结构性的染色体改变，也有单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP），
分子标记（Molecular Markers）的概念有广义和狭义之分。广义的分子标记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质。狭义分子标记是指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异的特异性DNA片段。
双分子荧光互补(bimolecular fluorescence complementation，BiFC)分析技术，是由Hu等在2002年最先报道的一种直观、快速地判断目标蛋白在活细胞中的定位和相互作用的新技术。
启动子载体，据启动子序列特性，从基因组中调取启动子序列，将其构建至报告基因载体中，通过检测报告基因来分析启动子关键区域；同时可以通过构建一系列截短体启动子和定点突变可以确定关键的转录因子结合位点。
CRISPR Cas9为新型的基因组编辑技术，拥有操作简单，效率高，以及作用靶点多等优势，逐渐成为基因敲除，基因组突变和基因敲除等实验的标准操作工具。Cas9系统能在293T, K562, iPS等多种细胞中，进行有效的靶向酶切，
RNA 干扰（RNA interference, RNAi）技术，是将与内源mRNA 编码区同源的小片段（19~23 bp）外源双链 RNA（siRNA）导入细胞中，引发细胞中相应mRNA 高效特异性降解，从而导致特定基因表达沉默（knock down）的一种实验技术。
原核表达系统是将外源cDNA片段克隆到原核表达载体上然后转化表达菌株，在原核生物来表达外源蛋白的系统，主要包括大肠杆菌表达、枯草芽孢杆菌表达、链霉素表达等。
差减文库 ( Subtractive cDNA library) 也称扣除文库、差减cDNA文库、抑制性消减文库（Suppression Subtractive hybridization, SSH）。减法杂交的本质是除去那些普遍共同存在的cDNA序列，从而使欲分离的目的基因的序列得到有效的富集，提高了分离的敏感性。
cDNA 文库(cDNA library ): 是指某种生物基因组转录的全部mRNA经反转录产生的cDNA片段分别与克隆载体（常用噬菌体或质粒载体）重组，并将其引入到相应的宿主细胞中（一般为E.coli.）繁殖和扩增，则每个细菌含有一段cDNA，
gDNA文库即基因组DNA（genomic DNA）文库，又称基因组文库（Genomic Library），把某种生物基因组的全部遗传信息通过克隆载体贮存在一个受体菌克隆子群体中，这个群体即为这种生物的基因组文库。
拷贝数变异(Copy number variation, CNV)是由基因组发生重排而导致的, 一般指长度为1 kb 以上的基因组大片段的拷贝数增加或者减少, 主要表现为亚显微水平的缺失和重复。CNV 是基因组结构变异(Structuralvariation, SV) 的重要组成部分。