微生物多样性测序，又称扩增子测序，是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序，分析序列中的变异。16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA，选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的某一或某几个区，使用Illumina MiSeq将目的区域正反向读通，通过检测目的区域的序列变异和丰度，对环境样本物种分类及丰度，种群结构，系统进化，群落比较等方面信息进行分析的研究方法。

16S rDNA：是细菌分类学研究中常用的“分子钟”，其序列包含9个可变区（Variable region）和10个保守区（Constant region）。可变区因细菌而异，且变异程度与细菌的系统发育密切相关。通过检测16S rDNA的序列变异和丰度，可以了解环境样品中群落多样性信息。基于16S rDNA的分析在微生物分类鉴定，微生态研究等方面起到重要作用。

18S rDNA测序：18S rDNA是编码真核生物核糖体小亚基rDNA的DNA序列，具有9个保守区域和8个可变区域，对18S rDNA某个高可变区进行测序，用于研究环境微生物中真核微生物的群落结构多样性。系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类。

ITS测序：ITS（Internal Transcribed Spacer）分为两个区域，ITS1和ITS2；ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于真核生物rDNA序列5.8S和28S之间；对ITS1或ITS2进行测序，用于研究环境微生物中真菌群落结构多样性。系统发育研究中利用它可研究种及种以下的分类阶元。