免疫沉淀（immunoprecipitation）是一种纯化蛋白质的方法。将目标蛋白的抗体与细胞提取物一起孵育，使抗体与溶液中的蛋白质结合。然后利用蛋白 A/G 偶联的琼脂糖微珠从溶液中分离出抗体/抗原复合物，从而将目标蛋白质从复杂样品中分离出来。最后通过 SDS-PAGE 即可分离出样品用于蛋白质印迹分析。

抗体的选择

多克隆抗体：多克隆抗体因其制备相对简单，可与靶蛋白分子的多个位点结合，所形成的抗原抗体复合物较稳定因而应用的最为广泛。但多克隆抗体的缺点在于非特异性结合较多，常会导致反映本底升高和一定的假阳性结果。

单克隆抗体：与多克隆抗体相比，单克隆抗体往往只结合一种抗原表位，具有单一结合特异性，所以发生非特异结合的机会少，可被用于确定靶蛋白上某一部位的特殊结构，甚至可被用于区分相同靶蛋白的不同形式如构象变化和修饰。但反过来，单克隆抗体仅与单一表位结合的特性也会引起具有同一表位的不同靶蛋白间的交叉反应。      

对免疫沉淀和免疫共沉淀而言，抗体与靶蛋白间的作用力最好是刚能达到分离的效果。结合力太弱，达不到分离的目的；反之，结合力太强，不利用后续的纯化。因此，对单克隆抗体来说，其与靶蛋白的亲合力就显得尤为重要，通常，亲合力小于10      7     M    －    1     的抗体就不适于免疫沉淀。

用于免疫沉淀及免疫共沉淀的理想抗体应是一组针对同一靶蛋白分子上不同表位的单克隆抗体的复合物。同时，为了保证分离效果，抗体常被事先固定在固相支持物如多聚糖凝胶颗粒Sepharose CL-4B上，或将抗体与无关的抗免疫球蛋白抗体以及能同免疫球蛋白结合的蛋白A或蛋白G连接。

免疫沉淀方法

免疫沉淀的靶蛋白一般来自细胞裂解液，可以是被同位素标记的也可以是未被标记的。若为前者，免疫沉淀后再经聚丙烯酰胺凝胶电泳，只需压片即可检测到靶蛋白的存在；若为后者，经免疫沉淀和聚丙烯酰凝胶电泳后，尚需借助银染或免疫印迹进行鉴定。

免疫沉淀反应

免疫沉淀蛋白质可采用几种不同方法。

第一种方法（方法 A）是先将蛋白质样品与抗体混合，然后加入蛋白质 A/G 支持。此方法可获得高纯度蛋白质；但是，抗体也会与目标蛋白质共洗脱，有时候会阻碍蛋白质印迹检测。

第二种方法（方法 B）是将抗体与蛋白质 A/G 微珠结合，然后与抗原混合。此方法的产率比前者低，但可避免抗体共洗脱问题。

洗脱

将蛋白质从微珠中洗脱出来的方法有三种。SDS 缓冲液的洗脱性最强，还可将非共价结合抗体和抗体片段连同目标蛋白质一起洗脱。另一方面，甘氨酸缓冲液洗脱可轻度洗脱蛋白质和少量抗体。尿素缓冲液洗脱由于样品可被蛋白水解酶消化，因此该方法对质谱测定具有一定优势。