传统上，根据胞外或表面表达的标志物不同，流式细胞术可用于鉴定多种细胞汇集池内不同的细胞类型，这种应用通常称为免疫表型分型。然而，这项技术还可轻松地应用于胞内靶标检测，并可成功地应用于复杂信号转导事件的研究。

因此，与检测细胞表面标记物组合，胞内流式细胞术已经演化成一个强大平台，这个平台能够在表型不同的细胞群内部，从单细胞水平上特征性描述信号转导网络。

胞内流式细胞术的优势：
1.可同时检测与表面、胞质区室和胞核区室结合的蛋白质
2.表型与以下各项直接相关：
胞内蛋白质表达
功能性输出，例如：细胞因子的释放和转录因子的产生
3.基于单个细胞的信号转导事件研究
4.悬浮状态下细胞的通路激活/抑制作用机制研究
5.胞内蛋白质表达的定量评估