因为 miRNA 序列比较短，彼此间相似度又非常高，尤其是同一家族的 miRNAs，彼此间可能只有 1 个碱基差异，出现非特异性扩增是很正常的，建议使用 Taqman 探针法进行尝试。

进行生物信息分析时，针对有参考基因组样本，以该物种的基因组以及该物种的 miRBase 数据库为参照进行数据分析；如果没有参考基因组，可以近缘物种的基因组以及近缘物种的 miRBase 数据库为参考，或者动物样本以所有动物的 miRBase 数据库、植物样本以所以植物的 miRBase 数据库为参照进行比对分析。

为防止 small RNA 丢失，浪费样本、时间和精力，抽提 total RNA 时请使用 miRNA Homogenate Additive。如果同一份样本同时检测 mRNA/lncRNA 和 small RNA，请事先告知该区域负责的销售工程师，请公司抽提人员注意保留 small RNA。