蛋白分布在不同的细胞的不同部位，对蛋白的亚细胞定位分析可以有助于蛋白功能研究的初步判断，目前存在两种方法，其一为软件预测，其二通过实验验证。

依据对亚细胞分布的精确度不同，亚细胞定位的实验设计也分成简化型亚细胞定位分析和内参型共定位分析。 对于植物蛋白的亚细胞定位分析，主要通过构建融合荧光蛋白的过表达质粒，如洋葱表皮基因枪转化，或者转化原生质体瞬时表达体系确定其定位及共定位情况。