探针是一小段单链DNA或者RNA片段（大约是20到500bp），用于检测与其互补的核酸序列，称为DNA探针，RNA探针。

DNA探针根据其来源有3种：一种来自基因组中有关的基因本身，称为基因组探针（genomic probe）；另一种是从相应的基因转录获得了mRNA，再通过逆转录得到的探针，称为cDNA探针（cDNA probe）。与基因组探针不同的是，cDNA探针不含有内含子序列；第三种，在体外人工合成碱基数不多的与基因序列互补的DNA片段，称为寡核苷酸探针。

RNA探针，根据在RNA杂交中所使用的探针依其来源可分为三种：即特异性cDNA、cRNA探针和人工合成寡核苷酸探针。cRNA探针，是以cDNA为模板，通过体外转录而获得的。cRNA与RNA之间形成的杂交体要比cDNA-RNA杂交体稳定。

为了确定探针是否与相应的核苷酸杂交，有必要对探针加以标记，以便在结合部位获得可识别的信号。探针的标记方式有放射性标记和非放射性标记。标记物质有放射性元素（如32P等）和非放射性物质（如生物素、地高辛等）。