因为在 WGBS 建库过程中，非甲基化的 C 会转化为 U（测序过程中呈现为 T），因此 WGBS 文库处于碱基不平衡的状态（read1 中 C 含量极低、read2 中 G 含量极低）。而 Illumina 测序仪在 cluster 定位过程中会过滤较高比例的 cluster，使得 raw data 产量降低；另外由于 GC 含量较低，测序过程中质量值也较容易下降。

样品 DNA 质量、Bisulfite 处理过程、测序深度、测序质量等都会影响到最终的结果。

目前我们建立了标准实验流程，确保 Bisulfite 对 DNA 的处理达到生物信息分析要求。我们的标准实验流程是在以标准品DNA 和 H19 等基因位点的多个质量控制步骤下进行严格控制的。