免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法， 是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。其原理是：当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。如果在裂解液中加入偶尔蛋白X的抗体，用蛋白质X的抗体免疫沉淀X，那么与X在体内结合的蛋白质Y也能沉淀下来。

目前常用prorein A预先结合固化在argarose的beads上，protein A 能与抗体特异性结合，若细胞中存在与诱饵蛋白X相结合的目的蛋白, 就可以形成蛋白复合物“目的蛋白+诱饵蛋白X+抗诱饵蛋白抗体+ProteinG或A”。再通过Western blot检测免疫沉淀物。

这种方法得到的目的蛋白是在细胞内与兴趣蛋白天然结合的，符合体内实际情况，得到的结果可信度高。这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合；也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。