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线粒体是真核细胞内的一种十分重要的细胞器，是细胞进行氧化磷酸化的场所。线粒体拥有自身的DNA和遗传体系，与生物进化及细胞起源有很密切关系。线粒体基因组是分子进化、系统发育和分子标记领域的重要研究对象，而获得目的生物的线粒体基因组全序列，则成为该领域研究人员的首要目标。