中国医学科学院药物研究所（以下简称“药物所”）成立于1958年，由当时中央卫生研究院的药用植物系、药物化学系、药理学系组建而成，隶属于中国医学科学院北京协和医学院。

药物所始终以寻找和研究防治严重危害人民健康的常见病、多发病及疑难疾病的药物为主要方向，坚持以创制具有自主知识产权的新药为重点，是国家重点药物研究机构之一，采用现代医药学理论和高新技术开展多学科综合性研究，旨在走出有中国特色的新药创制之路。药物所主要研究方向包括抗肿瘤药物、防治心脑血管疾病药物、治疗神经精神类疾病药物、抗代谢紊乱药物、抗感染药物、抗炎免疫类药物、治疗老年退行性疾病药物等。

药物所学科齐全，下设合成药物化学、天然药物化学、药理学、药物分析、生物合成、药物筛选、药物晶型、药物制剂、药物代谢、新药开发等研究科室，具有很强的药物研发能力。药物所现建有1个国家重点实验室，即天然药物活性物质与功能国家重点实验室；7个省部级重点实验室，即国家卫生和计划生育委员会天然药物生物合成重点实验室、活性物质发现与适药化研究北京市重点实验室、药物传输技术及新型制剂北京市重点实验室、药物靶点研究与新药筛选北京市重点实验室、晶型药物研究北京市重点实验室、新药作用机制研究与药效评价北京市重点实验室、创新药物非临床药物代谢及PK/PD研究北京市重点实验室。药物所还建有国家药物及代谢产物分析研究中心、国家新药开发工程技术研究中心、国家药物筛选中心、中国医学科学院北京协和医学院新药安全评价中心、药物所药物晶型研究中心。“十一五”以来，国家“新药创制”重大专项在药物研究所建立了包括综合大平台在内的多个技术平台,有效地增进了研究所的研究能力。

药物所现有职工495名，其中正副研究员123名。药物所先后拥有中国科学院院士3名，中国工程院院士2名（其中已故中国科学院院士2名、中国工程院院士1名）。截至目前，药物所共有享受国务院政府特殊津贴专家57名，国家级突出贡献专家2名，全国杰出专业技术人才1名，卫生部级突出贡献专家9名，教育部创新团队带头人3名，教育部长江学者特聘教授3名，新世纪百千万人才工程入选者5名，国家杰出青年科学基金获得者4名，优秀青年科学基金获得者2名，教育部新世纪优秀人才计划入选者5名，中组部“千人计划”青年项目入选者2名。共从国内外引进人才41名。

药物所也是我国高级药学人才的培养基地，其中药学学科为国家教育部批准的一级重点学科，并且建立了博士后流动站。药物所拥有一支高素质教师队伍，承担了北京协和医学院的研究生教学任务，现开设研究生课程33门。目前每年在读研究生380余名。至2015年底，已培养毕业博士生782名、硕士生706名。2015年在药物所等单位的基础上，成立了北京协和医学院药学院，现已获得教育部批准可招收药学专业本科生。

药物所建所五十多年来，已研制上市新药百余种, 获新药证书130项，其中以人工麝香、金水宝、双环醇、丁苯酞、艾瑞昔布等为代表的创新药物20项。至2015年底，共获得各级科研成果奖286项，其中国家二等奖以上项目15项；共发表论文7777余篇；编写著作349本；持有的有效专利数700余项，获得授权的国内外专利277项。

药物所始终坚持走产学研相结合的发展道路，所属全资企业包括北京协和药厂、北京协和制药二厂等；控股企业包括北京联馨药业有限公司、北京协和建昊医药技术开发有限责任公司、北京科莱博医药开发有限责任公司。近年来，药物所所属全资及控股企业产值稳步上升，其中北京协和药厂和北京协和制药二厂两厂总资产已超过18亿元。药厂目前的主要产品有：百赛诺、芳活素、紫素、非洛地平片、联苯双酯滴丸、灵孢多糖注射液、多西他赛注射液等，其中一些药物远销国际市场。

药物所与国内及美国、法国、日本、德国、西班牙、加拿大等国家和地区的制药公司、大学、科研机构、全球非营利性组织建立了密切的协作关系，进行了广泛的科技合作和学术交流。自1989年开始，药物所还与新疆维吾尔自治区药物研究所（简称新疆药物所）建立了横向合作关系，新疆药物所挂牌为“中国医学科学院药物研究所新疆分所”，共同为推动新疆民族医药事业的发展而努力。

药物所还负责编辑出版《药学学报》、Chinese Chemical Letters （CCL, 中国化学快报）、Journal of Asian Natural Products Research （JANPR, 亚洲天然产物研究）及Acta Pharmaceutica Sinica B （APSB，《药学学报》英文刊）四种学术期刊；其中CCL和JANPR为SCI收录杂志，APSB被Medline及ESCI等收录，《药学学报》成为青蒿素诺贝尔奖获奖奠基论文的发表杂志。

药物所人始终以“献身、创新、求实、协作”的精神为指引，勤奋钻研、刻苦攻关、与时俱进、继往开来，努力为我国医药卫生事业的可持续发展，为创造社会效益和增强人类健康贡献力量。