双向电泳(two-dimensional electrophoresis, 2-DE)：第一向通过等电聚焦将不同等电点的蛋白质分离，第二向通过聚丙烯酰胺凝胶根据蛋白质分子量的不同进行再次分离。凝胶经染色、成像，用软件进行对比，即可实现对蛋白质的定量研究。

双向电泳有较高的分离能力，兼容性强，适用于动物、植物、细胞、微生物等生物样本的蛋白质组研究；如与质谱鉴结合，还可实现蛋白质的定性分析，是蛋白质组学研究的经典方法。