转录组学和代谢组学整合分析，是指对来自转录组和代谢组的批量数据进行归一化处理及统计学分析，建立不同层次分子间数据关系；同时结合功能分析、代谢通路富集、分子互作等生物功能分析，系统全面地解析生物分子功能和调控机制，最终实现对生物变化大趋势与方向的综合了解，进而提出分子生物学变化机制模型，并筛选出重点代谢通路或者基因、代谢产物进行后续深入实验分析与应用。