RNA甲基化免疫共沉淀技术（MeRIP）

我们诚邀您加入聚生物词条修善计划，帮助我们完善该技术介绍内容

技术待认领

技术概述

甲基化RNA免疫共沉淀 (methylated RNA Immunoprecipitation，meRIP)基于特异性抗体特异性结合甲基化修饰的碱基的原理，以RNA免疫共沉淀富集甲基化修饰片段为基础，然后通过高通量测序，在全转录组范围内研究发生甲基化的RNA区域，获得结果。

目前己被成功的用于检测全基因组的RNA甲基化的修饰。其主要的实验原理为，利用免疫共沉淀的方法即用抗RNA甲基化抗体与被随机打断的RNA片段进行孵育，pulldown得到有RNA甲基化修饰的片段，并用于后续核酸检测。

（资料来源：伯信生物）

技术详情

1、数字标签（UMI）建库

数字标签（UMI）建库是通过数字标签追溯每一个文库片段，准确还原样本原始状态，实现绝对化、数字化的精准定量。UMI建库方法应用于RIP测序，可以降低建库起始量、解决RIP测序中的碱基偏好性问题、提高input和IP检测准确度，将RIP测序准确度提升到新的高度。

RNA的修饰通常具有选择性的，因此MeRIP测序文库碱基平衡性通常不佳，碱基不平衡导致PCR扩增偏好，并影响文库构建和最终的测序分析结果。UMI正是解决PCR扩增偏好的方法：

利用UMI追溯reads来源和去重

如上图所示，UMI建库测序方法在文库扩增之前为每一条逆转录的cDNA片段加上唯一的身份标签——UMI，UMI会伴随片段扩增、测序、分析的全过程。同一个片段经过PCR扩增出来的产物均带有相同的数字标签，测序完成后利用UMI追溯每一个片段的来源，将相同来源的片段（具有相同的序列和UMI）进行合并，就能准确去除PCR扩增重复，一比一准确还原样本扩增前的原始状态。

UMI避免了PCR扩增偏好性，因此，在建库起始量较低的情况下，可增加PCR文库扩增循环次数，结合UMI去重纠错，在不影响准确性的前提下使建库起始量大大降低，20~50ug RNA即可轻松建库。

（康测生物编辑）

2、关于m6A研究背景

m6A修饰普遍存在于mRNA 和多种类型的非编码RNA，通过影响RNA加工成熟、稳定性、mRNA运输与翻译、RNA编辑等方面，参与肿瘤发生和转移、胚胎发育、DNA损伤修复和病毒感染等生物学功能和作用机制的研究。相对于研究较早的DNA和组蛋白表观修饰，近年来发现，RNA上也存在类似的调控机制。RNA修饰超过150种，N6-methyladenosine (m6A)作为最常见的转录后修饰，介导了超过80%的RNA碱基甲基化。这种甲基化修饰非常普遍，其功能由“编码器Writer”、“消码器Eraser”和“读码器Reader”介导。

RNA N6‐methyladenosine methyltransferase‐like 3 promotes liver cancer progression through YTHDF2‐dependent posttranscriptional silencing of SOCS2[J]. Hepatology, 2018, 67(6):2254.

Writer即甲基转移酶，在体内和体外催化RNA发生m6A甲基化修饰，包括METTL3、METTL14和WTAP，VIRMA和RBM15可能也算上。Erasers即去甲基化酶，将RNA甲基化修饰信号擦除，包括ALKBH5和FTO。Readers即可识别RNA甲基化修饰的读码器，会参与后续的RNA翻译、稳定性、剪切和转运等过程，包括含YTH结构域的YTHDF1、YTHDF2、YTHDF3、YTHDC1和YTHDC2。

（锐博生物编辑）

聚生物技术词条修善计划

对现在的词条不满意？或者您有关于该技术的独特见解，最新发展资讯？都可以投稿给聚生物。一经采用，您对该词条的贡献将被聚生物所有用户所看到。