足迹法是一种用来测定DNA-蛋白质专一性结合的方法。用于检测与特定蛋白质结合的DNA序列的部位,可展示蛋白质因子同特定DNA片段之间的结合区域。

其原理为：DNA和蛋白质结合以后便不会被DNAase分解，在测序时便出现空白区(即蛋白质结合区)，从而了解与蛋白质结合部位的核苷酸对数目。在用酶移出与蛋白质结合的DNA后，又可测出被结合处DNA的序列。