重组蛋白纯化主要方法有三种：

亲和层析：在生物分子中有些分子的特定结构部位能够同其他分子相互识别并结合，这种结合既是特异的，又是可逆的， 亲和层析就是根据这样的原理设计的蛋白质分离纯化方法。利用不同的层析柱，采用亲和层析的原理，对带有His，GST 或者MBP标签的蛋白进行纯化，提高了纯化效率，增加蛋白纯度，简化操作步骤，是重组蛋白首选的纯化方法。

离子交换层析：由于蛋白质也有等电点，当蛋白质处于不同的pH条件下，其带电状况也不同。阴离子交换基质结合带有负电荷的蛋白质，所以这类蛋白质被留在柱子上，然后通过提高洗脱液中的盐浓度等措施，将吸附在柱子上的蛋白质洗脱下来。结合较弱的蛋白质首先被洗脱下来。常用的离子交换介质有DEAE葡聚糖凝胶 A-25和 SP-琼脂糖凝胶 HP（GE填料）。

凝胶排阻层析：凝胶层析是按照蛋白质分子量大小进行分离的技术，又称之凝胶过滤，分子筛层析或排阻层析。它的突出优点是层析所用的凝胶属于惰性载体 ，不带电荷，吸附力弱，操作条件比较温和，可在相当广的温度范围下进行，不需要有机溶剂，并且对分离成分理化性质的保持有独到之处。