微生物种类繁多，总数庞大，针对不同的微生物对能量、营养和理化条件的需求不同（包括各因子的种类和浓度不同），对现有培养基经过适当的优化改造可以用于新的微生物的分离培养。

传统经典分离筛选方法：
微生物平板培养方法：微生物平板培养方法是一种传统的实验方法。这种方法主要使用不同营养成分的固体培养基对土壤中可培养的微生物进行分离培养，然后根据微生物的菌落形态及其菌落数来计测微生物的数量及其类型。

新型分离筛选方法：
1. 稀释培养法：
1.1 扩散盒培养法
Kaeberlei等在分离培养潮间带底泥中的微生物时使用一种新颖的自制培养仪器，为其起名为扩散盒。扩散盒由一个环状的不锈钢垫圈和两侧胶连的0.11μm滤膜组成，滤膜只能允许培养环境中的化学物质通过而不能让细胞通过。

1.2细胞包囊法
Zengler等将海水和土壤样品中的微生物先进行类似稀释培养法的稀释过程，然后乳化，部分微生物形成了仅含单个细胞的胶状微滴。然后将胶状微滴装入层析柱内，使培养液连续通过层析柱进行流态培养。层析柱进口端用0.11μm滤膜封住，防止细菌的进入而污染层析柱;出口端用8μm滤膜封住，允许培养产生的细胞随培养液流出。该方法的特点是让微生物在开放式培养液中生长，使培养环境接近于微生物的自然生长环境，能够很好地提高微生物可培养性，但成本较高，不利于普及使用。

2. 序列引导分离法
序列引导分离技术是根据微生物基因组中特定基因的特异性序列，设计引物或杂交探针，以培养物中目标序列存在和变化情况为标准，来指导对微生物最优培养条件的选择，培养出新的微生物。