叶绿体全长测序
(cpDNA Sequencing)
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责编:转导生物

图片来源:www.ebiotrade.com

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转导生物深耕分子生物学技术十二载,是国内极具信誉的DNA操作技术团队,坚信再普通的技术做到极致也能有自己的品牌。转导生物拓展RACE技术应用,订单量、完成率、正确率、保真性在生物技术领域处于领先地位。每年10000+RACE序列扩增订单,为其积累了丰富的经验,配合组学数据挖掘结果,大幅度提升RACE方法获取目的基因的速度与准度。转导生物实验室作为国内RACE技术领域的翘楚,聚生物特邀其作为RACE聚透技术板块的责编团企。

技术概述

叶绿体是植物细胞内最重要、最普遍的质体,是进行光合作用的关键场所。叶绿体基因组结构与序列信息在揭示物种起源、进化演变及不同物种的亲缘关系等方面具有重要价值。同时,叶绿体转化技术在遗传改良、生物制剂的生产等方面显示出巨大潜力,而叶绿体基因组结构和序列分析则是叶绿体转化的基石。传统上植物叶绿体基因组的获取,利用叶绿体基因组保守序列设计简并引物,未知序列扩增以及长PCR扩增,对扩增产物进行 一代 测序,最终拼接、组装得到完整的叶绿体基因组。但是耗时较长,随着科学技术的发展,测序手段不断更新,近年来很多科学工作者热衷于采用高通量测序,先分离叶绿体再提取cpDNA,选取合适的叶绿体参考基因组,然后使用SOAPdenovo 短序列软件对这些序列组装,最终得到完整的叶绿体基因组,但不是所有物种都适用于此方法,高等植物叶片往往含有较高含量的色素及单宁类物质,使得其叶绿体分离及 cpDNA 的提取较为困难。

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技术详情

叶绿体基因组DNA一般为双链环状分子,极少数为线状。叶绿体基因组的结构非常保守,有以下3个特点:
1.一般含有四部分:短单拷贝序列(short single copy,SSC),长单拷贝序列(long single copy,LSC),反向重复序列IRA和IRB。
2.大部分IRA和IRB长各10-24Kb,编码相同,方向相反。
3.叶绿体DNA(cpDNA)启动子和原核生物的相似,有的基因产生单顺反子的mRNA,有的为多顺反子mRNA。

在漫长的演变进化过程中,这几个部分的结构 顺序保持不变,不同物种叶绿体基因组之间的差异 主要表现在IR区域的长度和方向变化上.

为此,我们可根据实际情况对目的物种进行总DNA提取,或者进行cpDNA提取,根据提供的分类地位信息,检索可参考的线粒体全长序列,设计简并引物进行PCR钓取、未知序列扩增以及长PCR扩增;高通量测序与一代Sanger测序相结合以获取叶绿体基因组全序列。

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1. 物种的分类和鉴定;
2. 作为遗传载体用于植物转基因;
3. 植物种群遗传和分子系统发育研究。
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基因组注释,基因组快速上传NCBI,制作环形图,重复序列分析(串联重复序列(tandem repeat sequences)和散在重复序列(dispersed repeats)),密码子偏好性分析,系统发育分析等。

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评论:

1 条评论,访客:1 条,官方:0 条
  1. 之乎者也
    之乎者也发布于: 

    叶绿体DNA测序完,不知道怎么处理,一堆得数据,

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