简化基因组测序

简化基因组测序
(Reduced-Representation Genome Sequencing，RRGS)

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技术待认领

技术概述

简化基因组测序（Reduced-Representation Genome Sequencing，RRGS）是指利用限制性内切酶打断基因组DNA，对特定片段进行高通量测序获得海量遗传多态性标签序列来充分代表目标物种全基因组信息的测序策略。此方法实验步骤简单，成本低，而且可以不依赖参考基因组，就能获得全基因组范围内的遗传多态性标签，因而广泛应用于生态学，进化学和基因组学等领域。

简化基因组能获得全基因组范围内有代表性的遗传多样性位点，因而广泛应用于群体进化、群体结构、种群历史、遗传定位和连锁图谱的构建。

（资料来源：派森诺生物）

技术详情

主要的简化基因组检测技术

到目前为止，科学家已经开发出了多种简化基因组的技术。其中，使用得比较多的技术主要有四种：即经典的 RAD、经典的 GBS、2bRAD、 ddGBS（也就是ddRAD）。这四种方法的建库流程见下图。

（派森诺生物编辑）

SLAF-seq技术：大规模基因分型高通量策略

大规模基因分型在遗传相关性研究中起着重要作用，尤其是和高通量测序技术结合后，它为基因挖掘带来了新的机遇。大规模基因分型的有效解决方法：SLAF-seq（specific-locus amplified fragment sequencing），该技术前期利用生物信息学方法，对目标物种的参考基因组（或已知BAC序列）进行系统分析，设计标记开发方案，后期根据前期的方案，构建SLAF-seq文库，筛选特异性长度片段进行高通量测序，将获得测序深度和质量满足要求的SLAF片段来代表目标物种的全基因组信息。它具有以下优势:

1. 高深度测序保证分型准确；
2. 简化的策略降低测序成本；
3. 前期简化方案预测保障标记数量最优；
4. 采用double index技术能适用于大群体。

（SLAF简化基因组测序）

简化基因组检测方法的主要特点