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miRNA在三个方面与信使核糖核酸不同：(1)miRNAs是相当小的分子，丰度差异较大；(2)成熟miRNAs与其前体pre-miRNA和primiRNA共存，只是长度不同；(3)许多miRNAs序列非常接近，例如同源分子，只是一个或几个核苷酸不同。