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目前多肽标记及修饰的内容非常多，广泛应用在多肽药物，多肽生物学，多肽抗体以及多肽试剂的研究中。目前应用广泛的有：非放射性核素标记（C13，H2，N15），荧光标记（FAM，FITC等），生物素标记，磷酸化修饰等。
合成多肽作为目前成本最低抗原肽模拟技术已经在免疫制备抗体行业广泛被接受， 大量被用于模拟制造识别大生物分子的抗体的基本原料, 特别是在制备甲基化抗体, 磷酸化抗体和糖基化抗体方面, 这项技术具有不可比拟的优势。