北京大学医药卫生分析中心（原北京医科大学医药卫生分析中心）成立于1984年，是集服务、教学、科研和对外开放为一体的大型仪器资源共享平台，也是第三批中关村挂牌开放的实验室之一。分析中心于1996年6月首度通过国家计量认证，并分别于2001年10月、2007年5月、2010年6月先后通过国家计量认证复查换证。
分析中心现有细胞分析实验室、蛋白质组学实验室、同位素实验室、电子显微镜分析实验室、分子影像学实验室、生命元素组学实验室、药学与化学实验室等。中心拥有一支高素质的科研和技术服务队伍，现有员工53人，具有博士学位18人，硕士学位9人，高级职称占中心总人数的44.45 %。
分析中心的定位为“以分析测试服务、技术支持为主，以仪器功能开发、技术创新为先，以本科生和研究生实验教学为本”。作为高校的测试服务机构，只做低端的常规分析测试，对于学校的科研创新是远远不够的，因此，分析中心更注重仪器功能开发、技术创新等工作，借以提供高质量的技术支持工作。
近年来，分析中心承担了7项国家自然科学基金、2项国家863计划项目、1项国家973计划项目等，并参与 ‘ 人发中稀土元素成分分析标准物质’等9项国家级或国际合作项目。
医药卫生领域研究涉及医学、药学与公共卫生等多个学科，例如，一种新开发的药物通常要进行动物实验、有效成份分析、病理实验等，如果客户自行找多个相关实验室做相关测试，一则繁琐，二则费时。而分析中心长期从事类似的工作，与校内的各个学科之间有良好的合作关系，因此只要客户说明目的，分析中心将设定整体的实验方案，实施实验，出具检测报告，为用户提供简捷的“一站式”测试服务。
“一站式“测试服务主要针对校外的用户。目前，分析中心的校内检测业务占50-60%，而校外检测业务占40-50%，校外业务主要来源于科研院所、医院、医药企业等。
“服务让您满意，技术请您放心”，中心主任吴明教授将带领全体同仁为您提供最优质的服务和技术支持。
中心设行政办公室 、业务办公室、研发办公室 和7个专业分析实验室（细胞分析实验室、蛋白组学实验室 、同位素实验室 、电子显微分析实验室 、分子影像学实验室、生命元素组学实验室 、药学与化学实验室 ）
中心直属实验室主要拥有 流式细胞分选仪（Flow cell sorter） 、流式细胞仪（Flow cell sorter） 、多光子荧光寿命成像激光扫描显微镜（Multiphoton Lifetime Confocal laser scanning Microscopy，MP-Confocal-FLIM）、单-多光子-激光扫描显微镜及荧光相关光谱集成系统(Confocal-Multiphoton laser scanning Microscopy and Fluorescence Correlation Spectrumscopy, Confocal-MP-FCS) 、线性离子阱串联三级四极杆高性能蛋白质分析质谱仪（4000 QTRAP） 、 二维纳升级高效液相色谱仪－5800TM高性能串联飞行时间飞行时间质谱蛋白质分析系统 （LC-5800TM MALDI-TOF-TOF） 、 二维纳升级高效液相色谱仪－线性离子阱-静电场轨道阱蛋白质分析系统（NanoLC -LTQ-Orbitrap Velos ， ThermoFisher USA） 、Tri-Carb液闪计数仪（Tri-Carb Liquid Scintillation Counters from Perkin Elmer）、JSM-5600LV扫描电子显微镜 、JEM1230PLUS 透射电子显微镜、IVIS Spectrum Imaging System（小动物活体成像系统）、Maestro2 In-vivo Imaging System（小动物活体成像系统） 、全自动氨基酸分析仪L-8900 、傅立叶变换红外光谱仪Nicolet 6700 、高速/超速离心机Allegra 25R Optima L-100XP 、显微成像分析系统Leica DM5000B 、荧光细胞动态分析系统TAXIScan-FL 等仪器设备。