氨基酸N端测序：
目前对蛋白N端测序主要分类两大类，其一为非质谱技术，例如经典的Edman降解法；其二为质谱技术。

Edman降解法，基本原理包括通过异硫氰酸苯脂与蛋白质或多肽的N-端残基的偶联，苯氨基硫甲酰酞（PTC-肽）环化裂解，和噻唑呤酮苯氨（ATZ）转化为苯异硫尿氨基酸（PTH-氨基酸）三个主要化学步骤，每个循环从蛋白质或多肽裂解一个氨基酸残基，同时暴露出新的氨基酸进行下一个Edman降解，最后用HPLC法鉴定PTH-氨基酸，实现蛋白质序列的测定。

质谱测序原理是将蛋白质经胰蛋白酶酶切后，直接用串联质谱测定酶切肽段混合物，然后通过一级质谱选择N端肽段离子进行串联质谱分析而得到N端序列。能够对混合蛋白、末端封闭或糖基化的蛋白质进行测序。

氨基酸C端测序：
蛋白质C端测序3种方法：羧肽酶法、化学法及串联质谱法。目前，使用较多的是利用串联质谱法，其原理为利用蛋白质在质谱中会有规律的破碎，获得蛋白质肽段的碎片，分析图谱得到蛋白质的C-端序列。

羧肽酶是一种从蛋白质C端开始逐个释放氨基酸残基的外切酶。羧肽酶的原理就是通过检测羧肽酶逐个释放氨基酸的顺序来判断蛋白的C端序列，其中释放氨基酸的检测有两种：①色谱法-直接检测所释放氨基酸；②质谱法-通过测定蛋白或者多肽原分子量和释放一个氨基酸后分子量差值判断所释放氨基酸种类，依次类推。
化学法指蛋白质或多肽与化学试剂反应后，专一性的裂解并检测C端氨基酸的方法，主要有（异）硫氰酸法和过氟酸酐法。

串联质谱法是重要检测工具，不需要借助专用于C端分析的羧肽酶酶切及化学裂解，仅用最常用的胰蛋白酶酶切，结合串联质谱法也能够测定蛋白的C端序列。