不论是对转基因产品进行标准管理，或是对转基因与非转基因原料的分别输送，对食品中的转基因含量的多少加以限制，转基因原料和食品的检测技术是必不可少的。

针对转基因技术各个环节的特点, 相应的转基因产品的检测方法主要有两大类:一类是外源蛋白质水平的检测,另一类是外源核酸水平的检测，这些被检测物即为转基因标志物。

转基因细胞转入的基因成分一般包括启动子(Promotor)、报告基因(ReporterGene)、目的基因(TargetGene)、终止子(Terminator)。检测的目标序列通常是构建的转基因载体的一部分，比如启动子、终止子、目的基因，或者这些元件之间的连接序列。