ALL SEQ-DNA Protein Interactions(一)

1.DamID

DNA腺嘌呤甲基转移酶相互作用检测

DamID允许在活细胞中鉴定蛋白质结合位点而无需交联或免疫沉淀。它在2006年作为微阵列方法开发，然后才适应NGS （Vogel等，2006）。

DamID涉及由DNA腺嘌呤甲基转移酶（Dam）和感兴趣的染色质蛋白组成的融合蛋白的低水平表达。该融合蛋白靶向染色质蛋白的天然结合位点，其中Dam甲基化周围DNA中的腺嘌呤。随后，分离甲基化的DNA片段，通过选择性PCR扩增，并测序。

好处：

允许在活细胞中鉴定蛋白质结合位点，而无需交联或免疫沉淀

提供专用算法 （Li et al。，2015）

缺点：

可能有毒

模仿千字节大小的area

2.DNase I SIM

DNase I简化植物的核 - 核方法

该方法是专门用于植物的简化DNase I方案（Cumbie等，2015）。它包含在DNase I消化之前在Percoll梯度中进行细胞核纯化的额外步骤，以更有效地去除细胞碎片和淀粉颗粒。使用T4 DNA聚合酶的DNA末端抛光步骤在DNA酶I消化后直接在细胞核中进行。这些额外的步骤消除了对凝胶纯化及其伴随的材料损失的需要。

好处：

不需要凝胶纯化

缺点：

仅针对植物进行了优化

3. MNase-SEQ /

微球菌核酸酶测序/微球菌核酸酶_辅助分离核小体/分离的核小体测序/分离的核小体测序

微球菌核酸酶（MNase）来源于金黄色葡萄球菌，其首次用于确定染色质结构的历史可以追溯到1975年，当时该方法被称为各种核葡萄球菌核酸酶或微球菌核酸酶消化细胞核或染色质 （Sollner-Webb et al。， 1975） （Axel等，1975）。随着NGS的出现，MNase消化 （Schones等人，2008） 变得更加流行，并且最终创造了术语MNase-Seq （Kuan等人，2009）。术语MNase辅助分离核小体测序（MAINE-seq） （Cusick等，1981） （Ponts等，2010），Nucleo-Seq （Valouev等，2011）和Nuc-seq （Chodavarapu等，2010） 不常用。与目的蛋白融合的MNase也已用于钙依赖性切割以研究体内特定的基因组基因座（ChEC-seq） （Zentner等，2015）。

在MNase-Seq中，用MNase处理gDNA。保护染色质蛋白结合的序列免受MNase消化。接下来，提取来自DNA-蛋白质复合物的DNA并用于制备测序文库。深度测序可准确表示基因组中调节DNA结合蛋白的位置 （Schones等，2008）

好处：

可以绘制核小体和其他DNA结合蛋白 （Zentner等，2012）

足迹亚核小体颗粒可保护低至约25 bp （Henikoff等，2011）

识别基因组中各种调节蛋白的位置

缺点：

MNase位点可能不占整个基因组

AT依赖性序列偏倚 （Kensche等，2016）

MNase与ChIP数据的整合对于鉴定和区分相似的蛋白质结合位点是必要的

4.X-ChIP

高分辨率交联染色质免疫沉淀测序

交联染色质免疫沉淀（X-ChIP）是染色质研究的基础技术 （Breiling等，2001） （Negre等，2001）。随着NGS的出现，这种简单的技术，现在称为X-ChIP-seq，能够产生高分辨率的结果（Skene等，2015）。

该方法包括在室温下用含1％甲醛的细胞中染色质结合的DNA交联10分钟。洗涤细胞并重悬于裂解缓冲液中。在MNase消化后，通过短暂超声处理使染色质溶解，然后进行染色质免疫沉淀。提取DNA，富集短片段，并用于制备测序文库。

好处：

单基分辨率

缺点：

超声处理可能引入序列偏差 （Teytelman et al。，2009）

无论持续时间如何，都能捕获蛋白质-DNA相互作用 （Zentner等，2015）

5.ORGANIC

从亲和纯化的天然分离的染色质占据基因组的区域

有机物是一种温和的方案，可避免交联和超声处理 （Kasinathan等，2014）。该方法是MNase-Seq和天然ChIP的组合，其提供复杂真核基因组中染色质占据区域的精确图谱。

好处：

避免超声偏差 （Teytelman et al。，2009）

避免交联伪影 （Zentner等，2014）

缺点：

蛋白质的溶解性可能很差 （Zentner et al。，2014）

MNase序列偏倚 （Kensche等，2016）

细胞核隔离可能会引入伪影

其他实验室没有复制