一些微生物被广泛应用于工业发酵，生产乙醇、食品及各种酶制剂等。对工业微生物开展的基因组研究，不断发现新的特殊酶基因及重要代谢过程和代谢产物生成相关的功能基因，可以将其应用于生产以及传统工业、工艺的改造，同时推动现代生物技术的迅速发展。