泛基因组测序（Pangenomic Sequencing）
2019年6月28日
一条评论
泛基因组包括核心基因组（Core genome）和非必须基因组（Dispensable genome）。其中，核心基因组由所有样本中都存在的序列组成，一般与物种生物学功能和主要表型特征相关，反映了物种的稳定性
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泛基因组包括核心基因组（Core genome）和非必须基因组（Dispensable genome）。其中，核心基因组由所有样本中都存在的序列组成，一般与物种生物学功能和主要表型特征相关，反映了物种的稳定性
基因组Survey基于小片段文库的低深度测序数据，通过K-mer分析，从而有效的评估基因组大小、GC含量、杂合度以及重复序列的含量等信息，
微生物，即个体难以用肉眼观察的一切微小生物之统称。微生物包括：细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的一大类生物群体，它个体微小，与人类关系密切。
基因编辑技术应用与细胞模型，可以构建细胞基因编辑模型。根据细胞类型，可分为如肿瘤细胞系模型，干细胞系模型等等，根据实验目的，可分为基因敲除细胞系模型、敲入细胞系模型、定点突变细胞系模型等。
基因组编辑技术是一种通过同源重组手段定向改造基因组的技术，是进行基因组改造和探索基因功能的关键手段，包括基因敲除、外源基因定点插入、基因定点突变，以及染色体大片段的重排和删除等。将基因编辑技术应用与动物，即为动物基因编辑。
基因工程（genetic engineering）又称基因拼接技术和DNA重组技术，是以分子遗传学为理论基础，以分子生物学和微生物学的现代方法为手段，将不同来源的基因按预先设计的蓝图
诱发性动物模型，即为诱发疾病模型。 疾病动物模型建立的主要原则就是病因诱导原则。所有的疾病都或多或少的与基因有着直接或间接的联系。
生物学家通过对选定的生物物种进行科学研究，用于揭示某种具有普遍规律的生命现象，这种被选定的生物物种就是模式生物。如：线虫、果蝇、斑马鱼、小鼠等。
FAIRE(Formaldchyde Assisted Isolation of Regulatory Elements，甲醛辅助分离调控元件)是近年来才建立的新技术，最初应用于酵母细胞，后被用于多种细胞，可以和DNase-Seq技术相结合，揭示开放型染色质的特征，是研究DNA水平调控的优选方法。
足迹法是一种用来测定DNA-蛋白质专一性结合的方法。用于检测与特定蛋白质结合的DNA序列的部位,可展示蛋白质因子同特定DNA片段之间的结合区域。
DNA甲基化免疫共沉淀技术(MeDIP 或mDIP) ，是一个大范围的染色体或基因组纯化技术，在分子生物学中被用于富集DNA甲基化序列。
甲基化RNA免疫共沉淀 (methylated RNA Immunoprecipitation，meRIP)基于特异性抗体特异性结合甲基化修饰的碱基的原理，以RNA免疫共沉淀富集甲基化修饰片段为基础，然后通过高通量测序，在全转录组范围内研究发生甲基化的RNA区域，获得结果。
ShRNA, 为short hairpin RNA的缩写，翻译为“短发夹RNA”。shRNA包括两个短反向重复序列。克隆到shRNA表达载体中的shRNA包括两个短反向重复序列，中间由一茎环（loop）序列分隔的，组成发夹结构，
蛋白-蛋白相互作用是蛋白质结构与功能研究中最重要的方面之一。GST pulldown实验是一个有效验证酵母双杂交系统的体外试验技术。将靶蛋白与GST（谷胱甘肽S-转移酶）融合表达，并将靶蛋白固化在谷胱甘肽(GSH)亲和树脂上，作为与目的蛋白亲和的支撑物，
CLIP，交联-免疫沉淀法，是一种主要用于分离和鉴定细胞中核糖核蛋白复合体中的RNA、microRNA以及蛋白复合物的方法。这个方法可以确定某些RBP是否能与特定的RNA结合并将RBPs与其结合的RNA免疫沉淀下来。
RNA纯化的染色质分离技术（Chromatin Isolation by RNA Purification，ChIRP）是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白的高通量检测方法。
标记RNA亲和纯化，TRAP(tagged RNA affinity purification)是一种检测与RNA结合的蛋白质(RBPs)的检测方法。
RNA反义纯化(RNA antisense Purification，RAP)是一种检测转录后水平与RNA结合RNA或蛋白质的检测方法。
反向染色质免疫共沉淀技术（reverse-Chromatin immunoprecipitation assay，reverse-ChIP）相对于染色质免疫共沉淀技术（ChIP），是一种在体内状态下分析DNA-蛋白质相互作用的新方法。
亚细胞定位是指某种蛋白或表达产物在细胞内的具体存在部位。例如在核内、胞质内或者细胞膜上存在。GFP是绿色荧光蛋白，在扫描共聚焦显微镜的激光照射下会发出绿色荧光，从而可以精确地定位蛋白质的位置。