MicroRNA 研究相关在线数据库集锦（一）

MicroRNA 数据库

miRBase

miRBase (www.mirbase.org) 提供已发布的microRNA序列、注释、目标预测等，以及方便的在线查询界面，允许用户通过关键字或序列搜索已知的microRNA和目标信息。它是主要的microRNA序列数据库之一。Mirbase由英国曼彻斯特大学生命科学学院（University of Manchester）主办和维护，当前版本为22，于2018年3月发布。这个版本包含38589个条目，代表2771个物种中表达48885个成熟小RNA产物的发夹前体小RNA。数据库得到积极维护，并于2018年10月进行了最后更新]。MIRBASE是参与RNACentral（https://rnacentral.org/）的专家数据库之一。RNACentral是一个全面的nvRNA序列集合，主要收录非编码RNA信息。

DIANA-TarBase v8.0

Diana TarBase 8.0:Diana实验室工具的一部分，网址是http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=tarbasev8%2Findex 。主要收录人类、小鼠、果蝇、现充和斑马鱼中经过实验测试的miRNA作用靶点信息，区分检测阳性和阴性的miRNA作用靶点。

YM500

YM500收录小RNA测序信息数据库，用于microRNA研究。网址是http://ngs.ym.edu.tw/ym500v2/index.php。

 

PolymiRTA 3.0: Polymorphism in microRNA Target Sites

来自美国田纳西大学健康科学中心建立的数据库，主要收录预测和验证的小RNA靶位点中自然发生的DNA变异数据信息。可以搜索，同时可以下载数据。网址是：http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/

miRWalk 3.0: microRNA target database

是一个全面的数据库，提供了人类、小鼠和大鼠的小RNA预测信息，以及目标基因上已验证和预测的结合位点。德国曼海姆法库尔特海德堡鲁普雷希特卡尔斯大学搭建。网址是http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/

DIANA-miRGen v3.0

miRGen同样是Diana实验室工具的一部分，网址是http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=mirgenv3%2Findex，

它是一个理想的小RNA转录调控研究数据库，包括细胞系特异性小RNA基因转录起始位点（TSSS）和转录因子（TF）结合位点的全基因组图谱。它与其它Diana资源有关，用于识别小RNA靶点和进行途径分析。

miRGator 3.0

miRGator数据库是一个miRNA的功能注释的导航工具。功能分析和表达谱分析与靶基因预测相结合，以推断小RNA的生物学功能。网址是http://mirgator.kobic.re.kr/

PMRD/PNRD

中国农业大学编写的PMRD是一个植物miRNA数据库。它由microRNA序列及其目标基因、二级维结构、表达谱、基因组浏览器等组成，并试图整合大量有关植物microRNA数据的信息。它包括130多种植物物种，包括水稻、番茄、棉花、大豆、花生和拟南芥。后更名为PNRD。不但miRNA，还包括其他ncRNA数据。网址是http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/

 

doRiNA 2.0

doRiNA是转录后调控中RNA相互作用的数据库。在动物中，转录后的RNA结合蛋白（RBPs）和microRNAs（miRNAs）通过结合RNA来调节几乎所有基因的表达。在doRiNA中，系统地管理、存储和集成RBPs和miRNAs的绑定站点数据。用户可以在数据上自由选择一个以目标（mRNA）或调节器（RBP和/或miRNA）为中心的视图。网址是

https://dorina.mdc-berlin.de/。但是该网站数据比较少，而且很久未见更新！

 

STarMirDB

用Starmir算法预测一组microRNA结合位点，网址是https://www.labome.com/bin/ea.pl?link=sfold.wadsworth.org/starmirDB.php

 

 

Vir-Mir

台湾台北中科院生物医学科学研究所搭建。它是一个包含预测病毒miRNA候选发夹的数据库。网址是http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi

Vita

http://vita.mbc.nctu.edu.tw/

它收集了来自mirbase和ictv、virgne、vbrc等的数据信息

• MED: Sarcoma - microRNA Expression Database

它是不同类型人肉瘤肿瘤中micrornas表达数据的存储库，并选择正常组织。

 

miRNASNP v2.0

是一个功能、遗传学和疾病研究数据库，研究与小RNA相关的单核苷酸多态性（SNP）

它包括可能影响小RNA生物发生和/或小RNA靶结合的基因

数据包括：小RNA的表达水平；小RNA与不同组织中靶基因的表达相关性，单核苷酸多态性与全基因组关联研究结果的联系，实验验证的小RNA:mRNA相互作用，功能性单核苷酸多态性。

网址是http://bioinfo.life.hust.edu.cn/miRNASNP2/

DIANA-miRPath

miRPath也是Diana实验室工具之一。网址是：http://snf-515788.vm.okeanos.grnet.gr/

它是一个基于网络的计算工具和数据库，用于识别microRNA调节的分子途径，并确定7种物种（智人、小家鼠、褐家鼠、黑腹果蝇、秀丽隐杆线虫、五倍子和红果蝇）中microRNA的功能作用

 

miRTarBase 7.0

是一个人工组织和实验验证的小RNA靶相互作用（miRNA-target interactions (MTIs)）数据库。该数据库包含10000多个MTIs，通过报告分析、蛋白质印迹或微阵列实验进行了实验验证。

SomamiR

是一个用于研究小RNA在癌症中的作用的数据库