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微生物，即个体难以用肉眼观察的一切微小生物之统称。微生物包括：细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的一大类生物群体，它个体微小，与人类关系密切。

抑菌（bacteriostasis）作用，抑制细菌和真菌的生长繁殖的作用。常用的抑菌剂（bacteriostat）是一些抗生素，能可逆性抑制细菌的繁殖，但不直接杀死细菌。随着益生菌（Probiotics）的出现，抑菌也指代利用有益菌体抑制有害菌，平衡宿主微生态平衡，维持健康这种新方式的代称。

细菌内毒素（脂多糖，LPS）是革兰氏阴性细菌细胞壁的主要成分。人们在研究革兰氏阴性细菌血症和内毒素血症的过程中，发现细菌内毒素在其中起到关键的作用，内毒素使机体免疫功能严重受损，进一步的发展可能引发脓毒性休克，弥散性血管内凝血，急性呼吸窘迫综合症，全身炎症反应综合症或致命性多器官功能衰竭。

内毒素，革兰氏阴性菌（如伤寒杆菌，结核杆菌，痢疾杆菌等）的菌体中存在的毒性物质的总称，本质是革兰氏阴性菌的细胞壁成分，叫做脂多糖，由菌体裂解后释出的毒素，又称之为“热原”。内毒素只有当细菌死亡溶解或用人工方法破坏菌细胞后才释放出来，所以叫做内毒素。

发酵（fermentation）指人们借助微生物在有氧或无氧条件下的生命活动来制备微生物菌体本身、或者直接代谢产物或次级代谢产物的过程。现代发酵的定义是：通过对微生物（或动植物细胞）进行大规模的生长培养，使之发生化学变化和生理变化，从而产生和积累大量人们发酵所需要的代谢产物的过程。

微生物培养，是指借助人工配制的培养基和人为创造的培养条件（如培养温度等），使某些（种）微生物快速生长繁殖，称为微生物培养。微生物培养可分为纯培养和混合培养，前者是指对已纯化的单一菌种进行培养和利用；

微生物种类繁多，总数庞大，针对不同的微生物对能量、营养和理化条件的需求不同（包括各因子的种类和浓度不同），对现有培养基经过适当的优化改造可以用于新的微生物的分离培养。

一些微生物被广泛应用于工业发酵，生产乙醇、食品及各种酶制剂等。对工业微生物开展的基因组研究，不断发现新的特殊酶基因及重要代谢过程和代谢产物生成相关的功能基因，可以将其应用于生产以及传统工业、工艺的改造，同时推动现代生物技术的迅速发展。

微生物往往被视为“无处不在，无所不为”的生物，制作重组基因的载体和表达重组基因的受体也需要微生物。20世纪90年代后期开始了微生物基因组的研究。这项研究是从对微生物完整的全基因核苷酸测序入手，在分析基因结构的基础上，认识微生物的完整生物学功能。

生物多样性测序，又称扩增子测序，是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序，分析序列中的变异。16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA，选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的某一或某几个区