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病毒诱导的基因沉默（Virus induced gene silencing , VIGS）是研究基因功能的一种有效工具。它已被用于进行正向和反向遗传学研究，以确定植物基因参与哪种代谢或通路。然而，这项技术尚未充分发挥其潜力。
原位杂交（in situ hybridization）将标记的核酸探针与细胞或组织中的核酸进行杂交，来检测与其互补的另一条链在细菌或其他真核细胞中的位置。
信号通路，又加信号转导通路（signal transduction pathway）：在细胞中，各种信号转导分子相互识别、相互作用，将信号进行转换和传递，构成信号转导通路。当外界环境变化时，单细胞生物可以直接做出反应，多细胞生物则通过复杂的信号传递系统来传递信息，从而调控机体活动。
一些微生物被广泛应用于工业发酵，生产乙醇、食品及各种酶制剂等。对工业微生物开展的基因组研究，不断发现新的特殊酶基因及重要代谢过程和代谢产物生成相关的功能基因，可以将其应用于生产以及传统工业、工艺的改造，同时推动现代生物技术的迅速发展。
双分子荧光互补(bimolecular fluorescence complementation， BiFC)分析技术，是由Hu等在2002年最先报道的一种直观、快速地判断目标蛋白在活细胞中的定位和相互作用的新技术。
免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法， 是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。其原理是：当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。
蛋白的酵母双杂交实验是以酵母的遗传分析为基础，研究蛋白间相互作用的一种有效技术手段。转录活化蛋白可以和DNA 上特异的序列结合而启动相应基因的转录反应。
酵母单杂交体系自1993年由Wang和Reed创立以来，在生物学研究领域中已经显示出巨大的威力。应用酵母单杂交体系已经验证了许多已知的DNA与蛋白质之间的相互作用，同时发现了新的DNA与蛋白质的相互作用，并由此找到了多种新的转录因子。
定点突变（Site-directed mutagenesis）是通过PCR等方法向目的DNA片段（可以是基因组，也可以是质粒）中引入所需变化（包括碱基的添加，缺失，以及碱基的替换）来改造基因。
转录激活因子样效应物核酸酶（TALEN）是二聚的转录因子/核酸酶，由33至35个氨基酸模块构成，其中每个靶定单个核苷酸。通过组装这些模块，研究人员可靶定他们想要的任何序列，是靶向基因编辑的常用工具之一。
Southern 印迹杂交（Southern blot）是进行DNA 特定序列定位的通用方法。1975 年由英国人Southern 创建，是研究DNA 图谱的基本技术。
小干扰RNA（Small interfering RNA，siRNA）有时称为短干扰RNA（short interfering RNA）或沉默RNA（silencing RNA），是一个长20到25个核苷酸的双链RNA，在生物学上有许多不同的用途。
RIP是研究体内蛋白与RNA互作的重要技术。该技术先用甲醛等试剂交联细胞内的“蛋白-RNA”互作复合物，裂解细胞后，用靶蛋白特异的抗体（或标签抗体）做免疫沉淀，获得“靶蛋白-RNA”互作复合物，去交联分离其中的RNA；
Northern blot 在1977 年由斯坦福大学James Alwine，David Kemp 和George Stark发明。因为其基本原理和操作过程与Southern blot 十分类似，所以称为Northern blot，主要用于分析基因的mRNA 的表达。
FISH(fluorescence in situ hybridization)技术是一种重要的非放射性原位杂交技术。该方法在80年代末 被发明，现已从实验室逐步进入临床诊断领域。
RNA/DNA pull down是研究体外条件下RNA或DNA与蛋白互作的重要技术。该技术通过体外转录目的RNA的一部分或全长，用生物素标记转录产物，再与链霉亲和素磁珠孵育使之固定在磁珠上，用以“pull down”互作蛋白，
CRISPR-Cas 技术是继锌指核酸酶（ZFN）、ES 细胞打靶和 TALEN 等技术后可用于定点构建基因敲除大、小鼠动物的第四种方法，且有效率高、速度快、生殖系转移能力强及简单经济的特点，在动物模型构建的应用前景将非常广阔。
蛋白分布在不同的细胞的不同部位，对蛋白的亚细胞定位分析可以有助于蛋白功能研究的初步判断，目前存在两种方法，其一为软件预测，其二通过实验验证。依据对亚细胞分布的精确度不同，亚细胞定位的实验设计也分成简化型亚细胞定位分析和内参型共定位分析。